第一考古研究室：负责旧石器、新石器时代考古工作，承担建设工程考古及相关文物保护工作。
第二考古研究室：负责商周考古工作，承担建设工程考古及相关文物保护工作。
第三考古研究室：负责秦汉三国魏晋南北朝考古工作，承担建设工程考古及相关文物保护工作。
寿县中心工作站（第四考古研究室）：负责寿县及周边楚文化相关考古和隋唐宋元明清时期考古工作，承担建设工程考古及相关文物保护工作。
古建筑研究室：负责古建筑研究及相关调查、测绘和古建筑保护方案等专业咨询指导工作。
文物科技保护研究室：开展考古发掘现场文物保护和可移动文物科技保护修复工作。
图书资料室(含《文物研究》编辑部)：负责学术科研课题申报管理，文物及考古标本、考古资料、图书资料管理，《文物研究》期刊编辑出版等工作。