凌家滩遗址于2019年被纳入国家文物局“考古中国—长江下游区域文明模式研究”重大课题，并作为长江流域5处区域核心聚落被纳入到 “中华文明探源研究（五）”课题中。
经国家文物局批准，2020年—2022年，安徽省文物考古研究所对凌家滩遗址开展主动性发掘，地点均位于岗地东南端的大型红烧土遗迹片区。此外，因遗址公园建设，2021年还对墓地西侧和外壕北段进行了发掘。
大型红烧土遗迹位于遗址中部，发掘面积2000平方米。发掘结果显示，该遗迹平面呈长方形，南北长88米，东西宽40米，复原总面积约3400平方米。平均厚度1.5米，红烧土堆积为人工铺垫而成，已发掘区域底部存在大型建筑。
红烧土西界外侧区域为人工堆筑而成，宽23米，南北长推测与红烧土范围一致。推测应为平行分布于红烧土西侧的大型建筑台基，其与红烧土遗迹共同组成一处超大型的公共建筑基址。
墓葬区西侧发现一处祭祀坑，平面呈圆角长方形，南北长4.1、东西宽3.5、深0.3米，共出土石器、玉器和陶器260余件，包括迄今所见中国新石器时代最大的石钺和玉璜，同时出土了一些玉器新器形，其中一件猪龙首形玉器造型奇特，工艺精湛，一端阴刻成猪龙首形，略上翘，另一端为尖锥形，为中国史前考古中发现的唯一一件，对研究中国史前用玉制度及古代礼制具有重大意义。
祭祀坑全景（上为东）
龙首形玉器 出土最大玉璜
以大型红烧土遗迹为代表的大型高等级公共建筑的发现，证明凌家滩存在超大型的高等级的公共礼仪建筑，并且存在明确的祭祀功能。作为良渚文明的源头之一、长江下游地区文明化进程中的关键节点和关键地点，凌家滩的考古新发现，为深化中华文明起源、形成、发展进程研究提供了更加关键且不可多得的重要资料。